R

Packrat est un système de gestion de packages et de leurs versions permettant de tracer l’installation et l’utilisation de ceux-ci dans un projet R. Cet article vise à vous montrer comment l’utiliser et en quoi il peut vous être utile. Le plan de l’article est le suivant : - Packrat, ça sert à quoi? - Démarrer son projet avec packrat - Utiliser packrat avec un outil de gestion de versions

On regroupe ici quelques astuces pour optimiser le temps d’exécution d’un code R. On en propose pour l’instant quatre, mais le post pourra être actualisé par la suite. L’idée est de regrouper des situations auxquelles chacun pourrait être confronté. Les points explorés dans cette note sont les suivants : Pour base R : la question de l’application d’une fonction apply aux colonnes d’un data.frame. Pour dplyr : la création d’une variable directement à l’intérieur de summarise().

Comme on a pu le voir par exemple dans le précédent post, l’aggrégation est souvent utilisée en analyse de données. Il est donc intéressant de comparer les performances des différentes options que propose R de ce point de vue. Des benchmarks comparant data.table, dplyr et la librairie pandas de python sur différentes tailles de tables ont déjà été faits, vous pouvez les trouver sur cette page github. On propose ici quelques tests comparatifs complémentaires sur un cas d’un calcul simple à partir d’un groupement d’une base fictive de nbrow lignes appartenant à nbgpe groupes.

La richesse de R, alimentée par une communauté de développeurs très active, rend le choix d’une méthode adaptée à une problématique donnée difficile, et c’est tant mieux. Vous trouverez ici une modeste participation au débat qui oppose les deux packages d’analyse des données les plus en vue dans la communauté R : data.table et dplyr. L’article se présente en deux parties : Un rappel sur les syntaxes de dplyr et data.